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新的《证券交易所管理办法》
1993年7月起实行的行政法规《证券交易所管理暂行办法》第4条规定：上海、深圳证券交易所“由所在地的人民政府管理，中国证券监督管理委员会监管”。同时规定：“理事长、副理事长或者常务理事由证券交易所所在地人民政府会同证监会提名、报证券委备案”（第19条），“总经理由证券交易所所在地人民政府会同证监会提名、报证券委备案”（第20条）。
1993年7月，国务院证券委刚刚成立不到一年，证监会还没法作为一个独立的行政机构发号施令，所以在这时对两个证交所的管理、特别是人事任免权上，中央政府还显现出彬彬有礼的官场风范。
但1995年9、10月上海和深圳证交所总经理人员的更迭表明，在327事件发生之后，中国证监会已经可以撤换取得人事任免参与权的深圳证交所的负责人，但对于朱镕基决策创建的上海证券交易所，证监会似乎还有所顾忌。不仅对负责人的人事安排无法一下子全权决定，而且在《证券交易所管理暂行办法》这样的行政法规上也无法从根本上动摇地方政府为主的地位，甚而至于对于两地的证券市场的影响，证监会仍旧无法真正和当地政府相抗衡。
但转变的迹象已经出现：
1996年3月，中国证监会决定分批授予地方监管部门行使部分监管职责。这是中国证监会建立中央直属垂直管理的行政体制的第一步。
1996年8月21日，国务院证券委公布了新版本的《证券交易所管理办法》，其中最为关键的是将1993年的《暂行办法》第4条修改为：“证券交易所由中国证券监督管理委员会监督管理”。同时将证券交易所领导层产生办法修改为：“理事长、副理事长由证监会提名，商证券交易所所在地人民政府后，由理事会选举产生”（第22条），“总经理、副总经理由证监会提名，商证券交易所所在地人民政府后，由理事会聘任”（第24条）。这两处修改，与一年前上海证交所的那次理事会不无关系。
1997年，中国证监会向深沪两个交易所派驻督察员，并在两地设立专员办公室作为派出机构。
此后，证监会在1997年和2001年又对《证券交易所管理办法》做了两次修改。
除了在总体上加强中央集权，在人财物的管理权限上将证券交易所归于证监会囊中之外，在2001版的《证券交易所管理办法》中索性把交易所的性质从“会员制事业法人”修改为“法人”，尽管在《证券交易所管理办法》中仍旧承认“会员大会为证券交易所的最高权力机构”、尽管至今交易所的章程仍旧把自己定性为“会员制法人”，但被中国证监会视作直属派出机构的沪深两家证券交易所，在中国证监会的领导下分别有17年和20年没有举行过“会员大会”……[3]